پدرش حاج شیخ محمدحسین مطهری بود كه سالها در نجف اشرف به تحصیل علوم اسلامی پرداخت و پس از مدتها سیر و سفر در شهرهای عراق‌، عربستان و مصر به زادگاه خویش ـ فریمان ـ بازگشت و تا پایان‌ِ عمرِ بیش از صد سال خود، در آنجا ماند. مادرش بانو سكینه دختر آخوند ملاجعفر روحانی بود كه یك سال پیش از امضای مشروطیت (1323) با حاج شیخ محمدحسین مطهری ازدواج كرده‌، حاصل این پیوند پنج پسر و دو دختر بود و مرتضی چهارمین فرزند خانواده بود. مرتضی بارها از پدر و مادرش به نیكی یاد كرده است و در مورد پدر گفته ‌:

«از وقتی یادم می‌آید ـ حداقل چهل سال پیش ـ من می‌دیدم این مرد بزرگ و شریف هیچ وقت نمی‌گذاشت و نمی‌گذارد كه وقت خوابش از سه ساعت از شب گذشته تأخیر بیفتد. شام را سر شب می‌خورد و سه ساعت از شب گذشته می‌خوابد و حداقل دو ساعت به طلوع صبح مانده و شبهای جمعه از سه ساعت به طلوع صبح مانده بیدار می‌شود و حداقل قرآنی كه تلاوت می‌كند یك جزء است و با چه فراغت و آرامشی نماز شب می‌خواند. حالا تقریباً صد سال از عمرش می‌گذرد و هیچ وقت من نمی‌بینم كه یك خواب ناآرامی داشته باشد. و همان لذتهای معنوی است كه این چنین نگهش داشته‌. یك شب نیست كه پدر و مادرش را دعا نكند. یك نامادری داشته كه به او خیلی ارادتمند است و می‌گوید خیلی به من محبت كرده است ‌، شبی نیست كه او را دعا نكند. یك شب نیست كه تمام خویشاوندان وی ذی‌حقان و بستگان دور و نزدیكش را یاد نكند.»

مطهری بارها از هوش و حافظه سرشار مادر دچار شگفتی شده است‌. و مادر نیز در یك رؤیای صادقه در هنگام حمل او مژده تولد او را كه خدمات عظیمی به اسلام خواهد كرد در انتظار تعبیر نشسته و آثار آن را نیز به زودی در وجود او دریافته است‌. تفاوت آشكار او با دیگر كودكان همسن و سال‌، گرایش او به نماز در سنین سه ـ چهار سالگی و عشق و علاقه وافر او به یادگیری‌، اولین نشانه‌های تعبیر آن رؤیای صادقه بود. مرتضی اولین گامهای آموزشی خود را به سوی مكتبخانه شیخ علی‌قلی و نیز نزد پدر برداشت و به یادگیری قرآن و خواندن و نوشتن پرداخت‌. او به سال 1313 و در سن پانزده سالگی برای ادامه تحصیل به مشهد مقدس شتافت و دو سال در مدرسه ابدال‌خان مشهد مقدمات علوم اسلامی را فراگرفت و در پی تخریب منزل پدری در فریمان توسط عمال رضاخانی مجبور به ترك مشهد و بازگشت به موطن شد و در فریمان و قلندرآباد با مطالعه كتب پدر روزگار گذراند.

«من هر چه مایه مطالعات تاریخی دارم‌، مربوط به همان دو سالی است كه از مشهد به فریمان‌برگشتم‌.»

او خود به تشریح اوضاع نابسامان آن سالها می‌پردازد و می‌نویسد :

«من كه بچه بودم در حدود سالهای 1314 و 1315 در خراسان زندگی می‌كردم‌. افرادی اگر یادشان بیاید و خصوصاً ـ بعد از قضایا ـ در منطقه خراسان بوده باشند، می‌دانند كه در تمام خراسان‌، دو یا سه معمم‌ّ بیشتر پیدا نمی‌شد. پیرمردهای هشتاد ساله و ملاهای شصت یا هفتاد ساله‌، مجتهدها و مدرسها، همه كلاهی شده بودند.»

درِ تمام مدرسه‌های[دینی‌ ] بسته شده بود و تقریباً درِ مسجدها به یك معنی بسته بود و هیچ كس به ظاهر باور نمی‌كرد كه دین و مذهب دوباره زنده شود.

«در آن هنگام كه پانزده ـ شانزده ساله بودم‌، درباره هر چیزی فكر می‌كردم و راضی نمی‌شدم الاّ تحصیل علوم دینی‌. آن وقتها فكر نمی‌كردم كه با این اوضاع و احوال این چه فكری است ! .... به مشهد رفتم‌ . بعد دوباره به محل خودمان برگشتم‌. در آنجا هم وضع‌، سخت‌تر از جاهای دیگر بود. پدرم را كه روحانی و پیرمردی هفتاد ـ هشتاد ساله بود، به زور كشیدند بردند و مكلاّیش كردند. او هم از پشت بام برگشت‌. و چون لباس [ روحانیت ] ‌ به تن می‌كرد، از خانه بیرون نمی‌آمد. اما من پاهایم را در یك كفش كرده بودم كه باید به قم بروم‌. در آن وقت قم‌، مختصر طلبه‌ای داشت كه حدود 400 نفر بودند. مادر ما اصرار داشت كه به قم نروم ، چون فكرهایی داشت‌ و می‌خواست ما را نگه دارد . به همین جهت‌ ، دایی ما را كه خود اهل علم بود و ده بیست سالی از من بزرگتر بود ، مأمور كرد تا مرا از رفتن منصرف سازد . در سفری كه با هم رفتیم‌، هر چه او می‌گفت ‌، من جواب منفی می‌دادم‌... بیاد دارم‌... در میان آن همه استاد و عالم و مدرس كه در حوزة علمیه مشهد بودند ، كسی كه بیشتر از همه در نظرم بزرگ جلوه می‌كرد و دوست داشتم به چهره‌اش نگاه كنم و قیافه و حركاتش را زیر نظر بگیرم ‌. و آرزو می‌كردم كه روزی پای درس او بنشینم آن مرد، مرحوم آقا میرزا مهدی شهیدی رضوی بود كه در حوزة مشهد ، درس فلسفه الهی می‌داد . اما آرزوی من برآورده نشد، زیرا استاد در همان سالها چشم از جهان فرو بست‌. میرزا مهدی كه در همه حوزه عظیم و پررونق مشهد در آن وقت از نظر فضل و فضیلت‌، مانند ستاره می‌درخشید، استاد شرح منظومه و اسفار و كفایه بود، آن وقت سنین میان سی و چهل را طی می‌كرد، آن جوان در سال 1354 درگذشت و مشهد را عزادار ساخت‌.»

سرانجام مطهری در سال 1315 ـ چند ماه پس از ارتحال آیت‌الله حاج شیخ عبدالكریم حایری یزدی مؤسس حوزه علمیه ـ وارد قم شد و در ضلع شمال شرقی در دالان شرقی مدرسه فیضیه مسكن گزید. در بدو امر كتاب مطول را كه در معانی‌، بیان و بدیع است نزد استاد خوش سخن آن روز حوزه شهید آیت‌الله شیخ محمد صدوقی و شرح لمعه را نیز از محضر مرحوم آیت‌الله حاج آقا شهاب‌الدین نجفی مرعشی فرا گرفت‌.

«بعد از مهاجرت به قم گمشدة خویش را در شخصیتی دیگر یافتم‌ . همواره مرحوم «آقا میرزامهدی شهیدی‌» را در این شخصیت می‌دیدم‌; به علاوه برخی امتیازهای دیگری كه در این شخصیت تازه بود ! فكر می‌كردم كه روح تشنه‌ام از سرچشمه زلال این شخصیت سیراب خواهد شد. اگرچه در آغاز مهاجرت به قم‌، از مقدمات فارغ نشده بودم و شایستگی ورود در «معقولات‌» را نداشتم‌، اما درس اخلاقی كه شخصیت محبوبم هر پنج‌شنبه و جمعه می‌گفت‌، و در حقیقت درس معارف و سیر و سلوك بود، نه اخلاق به مفهوم خشك علمی‌، مرا سرمست می‌كرد. بدون اغراق و مبالغه‌ای‌، این درس آن چنان مرا به وجد و شوق می‌آورد كه تا دوشنبه و سه‌شنبه هفته بعد، خودم را به شدت تحت‌تأثیر آن می‌یافتم‌. بخش مهمی از شخصیت فكری و روحی من‌، در آن درس و سپس درسهای دیگری كه طی دوازده سال از آن استاد الهی فرا گرفتم‌، ساخته شد، و من همواره خود را مدیون او دانسته و می‌دانم‌، راستی كه او روح قدس الهی بود!» 

و در توصیف مقام فقهی و علمی استادش در جایی گفته بود :

«این طلبه‌ها قدر نمی‌دانند و روزی درس آیت‌الله خمینی بسیار گل خواهد كرد. الآن دورادور، طلبه‌ها توجه دارند كه آیت‌الله خمینی در مسائل هم عمیق هستند و هم در بیان مسائل خوش‌بیان هستند.» 

استاد مطهری در طول دوران تلمذ از محضر امام به غیر از درس اخلاق‌، فلسفه ملاصدرا و عرفان را نیز از آن حكیم‌الهی فرا گرفت و در درس منظومه او نیز شركت می‌كرد و اسفار را نیز به‌طرز خصوصی از ایشان فرامی‌گرفت و افزون برآنها یك دوره خارج اصول را هم از محضر ایشان بهره‌مند شد مطهری در جای دیگر از حضور خود به درس حكمت‌الهی در محضر امام خمینی چنین یادكرده است‌:

«آن ایام‌، تازه با حكمت الهی اسلامی آشنا شده بودم و آن را نزد استادی كه‌... الهیات اسلامی را واقعاً چشیده و عمیق‌ترین اندیشه‌های آن را دریافته بود و با شیرین‌ترین بیان آنها را بازگو می‌كرد، می‌آموختم‌. لذت آن روزها و مخصوصاً بیانات عمیق و لطیف و شیرین استاد از خاطره‌های فراموش ناشدنی عمر من است‌.»

او در مورد شخصیت و میزان توان و فراگیری مطالب علمی خود می‌گوید :

«افراد از نظر استعداد و یاد گرفتن و فراگیری مطالب علمی بر دو گونه‌اند برخی در سنین جوانی از قدرت فوق‌العاده‌ای برخوردارند و تا چند سال می‌توانند به شدت بیاموزند ولی وقتی به اصطلاح پا به سن می‌گذارند، دیگرگویی استعداد آنها خشك می‌شود و فقط به هر آنچه كه تا آن موقع آموخته‌اند اكتفا می‌كنند و به اصطلاح از كیسه می‌خورند. عموم افراد و دانشمندان از این سنخ‌اند اما در مورد برخی مطلب طور دیگری است‌. یعنی همیشه دارای قدرت فراگیری‌اند. من از این دسته‌ام‌، من امروز بیشتر از گذشته در خودم آمادگی برای آموختن احساس می‌كنم‌. من امروز دلم می‌خواهد كه دائماً مطالعه كنم و بیاموزم و تدریس كنم و بیاموزانم‌. یكی از تفضلات الهی این است كه در حالی كه بسیاری از دانشمندان اهل نظر هر چند سال یك بار در نظریات خود تجدید نظر می‌كنند و به اصطلاح تغییر رأی می‌دهند و گاه تا آخر عمر به چندین عقیده متناوب و متضاد گرایش پیدا می‌كنند، من از ابتدای جوانی تا حال‌، حتی یك سطر هم ننوشته‌ام كه بعداً ببینم غلط بوده است‌. بحمدالله هر چه از همان روزهای اول تا حالا نوشته‌ام و اندیشیده‌ام‌، هنوز هم بر همان عقیده‌ام‌. گاه به نوشته‌های سی سال پیش خودم نگاه می‌كنم‌، می‌بینم كه البته تكامل پیدا كرده یعنی نظری اجمالی داشته‌ام كه اكنون آن را تفصیل داده‌ام و پخته‌تر شده‌; یا یك دلیل برای مطالبی داشته‌ام به دلیل و دلایل دیگر رسیده‌ام‌; ولی این طور نیست كه ببینم چیزی گفته‌ام یا نوشته‌ام كه اكنون به آن معتقد نیستم و نظرم چیز دیگری است‌. من این را یكی از الطاف بزرگ الهی به خودم می‌دانم‌.»

و كسانی كه از نزدیك با او محشور بوده و خدمات علمی گسترده او را دیده و به شخصیت علمی و روحیات معنوی وی آشنایی داشته‌اند، او را به صفاتی چون جامعیت‌، حضور در صحنه‌های سیاسی‌، نشر آثار گسترده و ابداع در تدوین‌، نثر روان‌، روح لطیف و شعر شناس‌، اهتمام فراوان به قرآن و نهج‌البلاغه‌، شناخت دقیق سیره نبوی اطلاع از احوال عالمان پیشین‌، شناخت تحلیلی از تاریخ اسلام‌، خوی علمی‌، عبادت و تهجد، حریت فكری و شناخت مباحث اقتصادی زمان ستوده‌اند. بروز شخصیت علمی او به گونه‌ای بود كه در یكی از معدود ملاقاتهای او با آیت‌الله خویی معظم‌له او را بحر موّاج نامید. و بعضاً از او چنین یاد كرده‌اند :  

«مطهری از دور به منطق شبیه بود (خیلی آهنین‌) از میانه راه به فلسفه و حكمت شبیه می‌شد، و اما از نزدیك عین عرفان بود!»

آثار گسترده او در طرح و بحث موضوعات مختلف خود گواه این نقش بیاد ماندنی است‌. او خود در زمینه آثار قلمی خویش چنین می‌نویسد :

«.... این بنده از حدود بیست سال پیش ]1332 شمسی‌[ كه قلم به دست گرفته‌، مقاله یا كتاب نوشته‌ام‌، تنها چیزی كه در همة نوشته‌هایم آن را هدف قرار داده‌ام حل مشكلات و پاسخگویی به سؤالاتی است كه در زمینة مسائل اسلامی در عصر ما مطرح است ‌. نوشته‌های این بنده‌، برخی فلسفی‌، برخی اجتماعی‌، برخی اخلاقی‌، برخی فقهی و برخی تاریخی است‌. بااینكه موضوعات این نوشته‌ها كاملاً با یكدیگر مغایر است‌، هدف كلی از همة اینها یك چیز بوده و بس‌. دین مقدس اسلام یك دین ناشناخته است‌. حقایق این دین تدریجاً در نظر مردم‌، واژگونه شده است‌، و علت اساسی گریز گروهی از مردم‌، تعلیمات غلطی است كه به این نام داده می‌شود. این دین مقدس در حال حاضر بیش از هر چیز دیگر از ناحیة برخی از كسانی كه مدعی حمایت از آن هستند ضربه و صدمه می‌بیند. هجوم استعمار غربی با عوامل مرئی و نامرئیش از یك طرف‌، و قصور یا تقصیر بسیاری از مدعیان حمایت از اسلام در این عصر از طرف دیگر، سبب شده كه اندیشه‌های اسلامی در زمینه‌های مختلف‌، از اصول گرفته تا فروع‌، مورد هجوم قرار گیرد. بدین سبب این بنده وظیفة خود دیده است كه در حدود توانایی در این میدان انجام وظیفه نماید. ...این بنده هرگز مدعی نیست كه موضوعاتی كه خودش انتخاب كرده و دربارة آنها قلمفرسایی كرده است لازمترین موضوعات بوده است‌ ، تنها چیزی كه ادعا دارد این است كه به حسب تشخیص خودش از این اصل‌، تجاوز نكرده كه تا حدی كه برایش مقدور است در مسائل اسلامی «عقده گشایی‌» كند و حتی‌الامكان حقایق اسلامی را آن چنان كه هست ارائه دهد ، فرضاً نمی‌تواند جلو انحرافات عملی را بگیرد، باری حتی‌الامكان با انحرافات فكری مبارزه كند و مخصوصاً مسائلی را كه دستاویز مخالفان اسلام است روشن كند، و در این جهت «الاهَم‌ُّ فالاهَم‌ُّ» را لااقل به تشخیص خود ـ رعایت كرده است‌...» 

پس از اندی كفایه‌الاصول را نزد مرحوم آیت‌الله سیدمحمد محقق داماد و خارج فقه و اصول را نیز در محضر آیات‌الله سیدمحمد حجت كوه‌كمره‌ای و سیدمحمدتقی خوانساری آغاز كرد و به سال 1319 به درس خارج امام خمینی (ره‌) كه خود بنیانش را نهاده بود راه یافت و به گفته خویش دوازده سال از خرمن فیاض آن انسان كامل بهره خاص برد.

از سالهای اقامت او در قم خاطرات فراوانی توسط دوستان و مراودین او نقل شده است : از آن جمله اهتمام وافر او به تزكیه نفس و تهجد و نماز شب و استفاده از وقت‌، او حتی در حجره را از بیرون می‌بست و از پنجره داخل می‌شد ! كه اگر كسی نزدیك حجره آمد خیال كند كه كسی در حجره نیست تا به تلاش علمی‌اش بیفزاید و از فرصتها حداكثر استفاده را ببرد . به گونه‌ای كه حجرة واقع در طبقه فوقانی مدرسه فیضیه سالها، كانون توجه و زبانزد طلاب و استادان حوزه شد و آمد و رفت استادان و مدرسان بنام حوزه به ویژه استاد بزرگ آن زمان حضرت آیت‌الله خمینی نظر همه را به خود جلب می‌كرد.

 در تابستان سال 1322 مطهری آوازه حضور فقیه اهل بیت مرحوم آیت‌الله بروجردی را كه در بروجرد ساكن بود، شنید بدان دیار شتافت و به استفاده از محضر پرفیض او روی آورد و سال دیگر را نیز بدین منوال به بروجرد سفر كرد و با شیوة علمی او بیشتر آشنا شد و این آشنایی به صورتی شد كه وقتی آیت‌الله بروجردی با تلاش علمای وقت از جمله حضرت امام رحل اقامت در قم افكند. مطهری از ملتزمین ركاب علمی او گردید. به گونه‌ای كه اگر روزی او در درس حاضر نمی‌شد استاد در میان خیل شاگردان غیبت او را حس می‌نمود و حتی نقل است كه روزی آیت‌الله بروجردی از گذر معروف «خان‌» برای تدریس به طرف صحن مطهر، حضرت معصومه (س‌) می‌رفت از دور ملاحظه كرد كه استاد مطهری به طرف دیگری می‌رود، بلافاصله از اطرافیان سؤال كردند آقای مطهری كجا می‌رود الان وقت درس است‌.

در سالهای اولیه اقامت او در قم مرحوم آقای نجفی قوچانی روحانی مبارز عصر مشروطه هرگاه به قم مشرف می‌شد به اعتبار سابقة دیرینه‌ای كه با رفیق سرخسی خود ـ پدر استاد مطهری ـ داشت به حجرة او وارد می‌شد. و این مجالست نیز بر او اثری بس نیكو می‌گذارد .

استاد مطهری در خصوص آشنایی با مكاتب مادی جدید می گویند :

«تحصیل رسمی علوم عقلی را از سال 23 شمسی آغاز كردم‌. این میل را همیشه در خود احساس می‌كردم كه با منطق و اندیشه مادیین از نزدیك آشنا گردم و آرا و عقاید آنها را در كتب خودشان بخوانم‌. دقیقاً یادم نیست‌، شاید در سال 25 بود كه با برخی كتب مادیین كه از طرف حزب توده ایران به زبان فارسی منتشر می‌شد و یا به زبان عربی‌27 در مصر مثلاً منتشر شده بود آشنا شدم‌. كتابهای دكتر تقی ارانی را هر چه می‌یافتم به دقت می‌خواندم و چون در آن وقت به علت آشنا نبودن با اصطلاحات فلسفی جدید، فهم مطالب آنها بر من دشوار بود، مكرر می‌خواندم و یادداشت برمی‌داشتم و به كتب مختلف مراجعه می‌كردم‌، بعضی از كتابهای ارانی را آن قدر مكرر خوانده بودم كه جمله‌ها در ذهنم نقش بسته بود...»

علامه سید محمدحسین طباطبائی (ره‌) در سال 1325 به قم مهاجرت كرد و در قم گوشه انزوا طلبیده و تنها به بحث مختصری در زمینه فلسفه اكتفا كرده بود. در این زمان مطهری نیز در طبقه فوقانی مدرسه فیضیه مطول تفتازانی را كه از استادش‌، شهید صدوقی فرا گرفته بود تدریس می‌كرد و چون ادبیاتش مورد ستایش بود، درسش نیز مورد استقبال قرار گرفت‌. و بعدها شرح مطالع در منطق و شرح تجرید در علم كلام و رسایل و كفایه در علم اصول و مكاسب در فقه و شرح منظومه و اسفار در حكمت را نیز تدریس كرد. به گونه‌ای كه از اساتید برجسته حوزه به شمار می‌رفت‌. در قبال پیشنهاد یكی از دوستانش مبنی بر شركت در درس شفای بوعلی كه توسط علامه طباطبائی آغاز شده بود با بی‌اعتنایی‌، می‌گوید : «تدریس كتاب شفا از عهدة هر كسی برنمی‌آید. این آقا هم گمان نمی‌كنم بتواند «شفا» را درس بدهد.» اما با اصرار دوستش در سال 1329 به درس علامه می‌رود و در همان جلسه اول مجذوب او می‌شود و بعدها می‌گوید : علامه صاحب كشف و شهود است و خیلی از مسائل را از طریق كشف به دست می‌آورد. و علاوه بر شركت در درس عمومی علامه طالب فیض بیشتر شده و در جلسه درس خصوصی دیگر استاد نیز كه شبهای پنج‌شنبه و جمعه تشكیل می‌شد شركت می‌جوید كه حاصل این درس پر بركت تدوین كتاب ارزشمند اصول فلسفه و روش رئالیسم است‌. و این جدای از شركت در جلسه تفسیر قرآن بود كه در آن روزگار مرسوم نبود و حاصل آن جلسات هم كتاب تفسیر المیزان بود كه به تعبیر استاد مطهری :

«بیشتر مطالب این كتاب را علامه در حالت الهام مانند نوشته‌اند. و اصولاً بیشتر مطالبی را كه در كتابها و نوشته‌های خودم دارم ریشه‌هایش را از علامه طباطبائی و خصوصاً از المیزان گرفته‌ام‌.»

و البته این ارادت به علامه ـ كه بعدها در پی ذكر نامش كلمه روحی فداه را می‌افزود ـ مانع از آن نبود كه به نقد نظریات استاد بپردازد و با صراحت بگوید كه من این مطلب را از علامه طباطبائی نمی‌پذیرم و در اینجا نظر خودم چنین است‌.

حضور استاد مطهری در درس استاد علامه طباطبایی (رض‌) حضوری عالمانه و بسیار مفید و سازنده بود و دقت و هوش و زیركی او نه تنها حاضران را به وجد و حال می‌آورد بلكه خود استاد علامه و آن نابغة عظیم را آن چنان بر سر شوق می‌آورد كه می‌گوید :

«... مخصوصاً مرحوم مطهری یك هوش فوق‌العاده‌ای داشت و حرف از او ضایع نمی‌شد. حرفی كه می‌گفتیم می‌گرفت و به مغزش می‌رسید. علاوه بر مسأله تقوا و انسانیت و جهات اخلاقی ـ كه انصافاً داشت‌. یك هوش فراوانی هم داشت و هر چه می‌گفتیم هدر نمی‌رفت‌، مطمئن بودم كه هدر نمی‌رود. این عبارت‌، عبارت خوبی نیست‌، بنده وقتی كه ایشان به درسم می‌آمدند حالت رقص پیدا می‌كردم از شوق و شعف‌، به جهت اینكه انسان می‌داند هر چه بگوید هدر نمی‌رود و محفوظ است‌...»

تابستان سال 1331 به مشهد مقدس مشرف می‌شود و سپس راهی فریمان‌ . پس از مشورت با والدین با دختر آیت‌الله روحانی كه از علمای وارسته خراسان بود ازدواج نموده‌، به اتفاق همسر جوان خود به قم باز می‌گردد. و در خانه‌ای اجاره‌ای و با فروش كتاب و شهریه خیلی ناچیز زندگی جدیدی را آغاز می‌كنند.

حمایتهای بی‌دریغ او از استاد فرزانه‌اش كه طرح اصلاحی برای سامان دادن به سازمان روحانیت را ارائه كرده بود كه البته از بد روزگار با شكست مواجه شده بود و فقر شدید حاكم بر زندگی‌، استاد را مجبور به جلای موطن مألوف علمی و تحقیقی خود كرد. او خود نزدِ یكی از دوستانش چنین درد دل كرده است :

«براثر شكست طرح آقای خمینی برای اصلاح حوزه كه من هم از فعالان آن و شاگرد ایشان بودم‌، از اطرافیان آیت‌الله بروجردی ضربه خوردم‌. اطرافیان‌، طوری مرا از نظر آقای بروجردی انداخته بودند كه هر چه كردم مرا احضار كند تا حضوراً عرایضم را عرض كنم‌، نتیجه‌ای نگرفتم‌. حتی روزی نامه‌ای نوشته و در آن عرض كرده بودم در كجای دنیا رسم است كه درباره كسی حكم غیابی صادر كنند؟ چیزهایی كه به شما گفته‌اند، بنده را احضار كنید كه توضیح بدهم تا رفع هرگونه سوءتفاهم شود. نامه را دادم به آقای منتظری كه هم مباحثه بودیم و نزد آیت‌الله بروجردی آمد و رفت داشت و گفتم در یك فرصت مناسب به دست ایشان بدهد. آقای منتظری گفت : «دادم نگرفت‌» ناچار به تهران آمدم‌... علت بیرون آمدنم از حوزه این بود و از آن موقع تاكنون به جرم ارادت به آقای خمینی نزد خودی و بیگانه صدمه دیده‌ام و می‌بینم‌. تا وضع ما روحانیان و آقایان مراجع چنین باشد. این قضایا هم هست باید تحول اساسی در حوزه به وجود بیاید كه چهار نفر كم مایه نتوانند این طور با سرنوشت افراد بازی كنند و سد راه خدمات ارزنده به اسلام و مسلمین باشند.»

پس از ورود به تهران در امتحانات اولین دورة مدرسی معقول و منقول شركت كرد . آیت الله جوادی آملی در این خصوص ، چنین می گویند :

«وقتی ایشان از قم به تهران آمدند در اولین دورة امتحانات مدرسی معقول و منقول شركت كردند ... مصلحت الهی هر چه بود خدا خواست كه ایشان بتواند جامع بین حوزه و دانشگاه باشند، رابطی باشند كه قدیم و جدید را وصل كنند، دانشگاه و فیضیه را به هم متصل كنند، وقتی ایشان از تهران به قم آمدند... و آمدند در حجره و تعریف كردند، گفتند كه در جلسة امتحان‌، ممتحنین چه مسئله فلسفی از من پرسیدند، دیگران چه جواب دادند و من چه جواب دادم‌، گفتند هیئت ممتحنه به اتفاق گفتند چه كنیم نمره‌ای بالاتر از بیست نیست‌، و اگر نمره‌ای بالاتر از بیست بود به شما می‌دادیم‌، در رشته معقول و فلسفه شاگرد اول شدند و نمرة بیست را گرفتند.»

با ورود به تهران ابتدا در مدرسه مروی به تدریس شرح منظومه‌، شرح اشارات و شفا رو آورد و حدود بیست سال در این مدرسه به تربیت طلاب و محققین علوم و فرهنگ اسلامی توفیق یافت‌. اولین اثر علمی او نیز در سال 1332 با نام اصول فلسفه و روش رئالیسم شكل گرفت كتابی كه به تعبیر علامه طباطبائی :

«مجملات‌... و مقاله‌های فشرده بود و ما می‌خواستیم باز شود مطلب روشن شود و كسی كه این معنی را بتواند برعهده بگیرد مرحوم آقای مطهری بود. شروع كرد و به بهترین وجهی هم از عهده برآمد. این است كه ما دو دستی به او می‌دادیم كه حل كند و حل هم كرد. آن مقداری كه نوشته قابل توجه است و خودش هم صاحب نظر بود.»

به سال 1333 آغاز تدریس آزمایشی او بود كه خوش درخشید و سرمنشأ خیرات و بركات فراوانی برای عرصه اصول فلسفه و معارف اسلامی شد.

مقالات او در مجلات و نشریات توجه هر خواننده‌ای را به خود جلب می‌كرد از آن جمله همكاری او در نشریه وزین مكتب تشیع كه در آن روزگار به همت چند طلبه آگاه و مبارز راه‌اندازی شده بود و البته براثر فشار رژیم دوام نیاورد و عمری كوتاه داشت‌.

نقل است كه او برای هر جلسه تدریس و منبر خود ساعتها مطالعه می‌كرد و اگر ندرتاً موفق به مطالعه نمی‌شد در آن روز بر كرسی تدریس نمی‌نشست و یا از پله منبر بالا نمی‌رفت‌. اولین جلسه تفسیر قرآن او نیز در همان سالهای اولیه ورود او به تهران و در انجمن اسلامی دانشجویان آغاز شد.

از سال 1337 با شركت در جلسات انجمن اسلامی پزشكان و ایراد بحثهای اعتقادی حساس‌، به پاسخگویی نسل تحصیل كرده توفیق یافت و از این ره‌گذر و در طول بیست سال موضوعاتی چون توحید، نبوت‌، معاد، مسأله حجاب‌، بردگی از نظر اسلام‌، صلح امام حسن (ع‌)، امام صادق (ع‌) مسأله خلافت‌، مسأله ولایتعهدی امام رضا(ع‌)، پرورش جسم و استعداد عقلانی‌، عوامل تربیت اسلامی‌، فطرت‌، ربا، بانك و بیمه و... را در آن انجمن به بحث گذاشته‌، به پرورش نفوس مستعده در آن جمع همت گماشت‌. در عین تدریس اسفار و ارائه بحثهای كلامی كلان در پی اطلاع از نیاز جوانان و نوجوانان در سال 1339 جلد اول داستان راستان را منتشر كرد و جلد دوم آن نیز در سال 43 با استقبال مواجه شد و بعدها نیز از طرف یونسكو نیز جایزه‌ای بدان تعلق گرفت‌. 

همزمان با تحصیل در ایام تبلیغی به همراه سایر همراهان دست به سفرهای تبلیغی زده راهی مناطق مختلف كشور می‌شد. سفر به اراك‌، همدان‌، اصفهان و نجف‌آباد از آن جمله بود. آیت‌الله شهید دكتر بهشتی در این زمینه می‌گوید :

«یك خاطره‌... مربوط به سال 1326... در یكی از روزهای میلاد یكی از ائمه در ماه رجب یا شعبان دقیقاً به خاطر ندارم در حجره یكی از دوستانمان آقای ایزدی نجف‌آبادی امام جمعة نجف‌آباد مهمان بودیم در آن روز صحبت از این رفت كه باید روحانیت برای مؤثر واقع‌تر شدن خودش تلاش كند سه نفری با هم صحبت كردیم و گفتیم خوب است ماه رمضان امسال ـ كه در تابستان هم بود ـ بلند شویم برویم و به محرومین و دور افتاده‌ترین نقاط كشور برای رساندن پیام اسلام به آن مردمی كه كمتر كسی سراغشان می‌رود، فكر مورد قبول قرار گرفت و در آن سال 18 نفری به اطراف رفتیم و قرار شد نفری صد تومان بدهیم و چون غالباً نفری صد تومان را نداشتیم مرحوم آقای بروجردی كه بوسیله امام خمینی در جریان این برنامه قرار گرفته بودند این خرج سفر را تأمین كردند. قرار شد برویم اگر جایی هم نبود ـ چون تابستان بود ـ با همان عبای خودمان هر جا كه شد بخوابیم و خوراك هم خودمان تهیه كنیم به طوری كه آزاد بتوانیم فعالیت تبلیغی داشته باشیم‌. این سفر با موفقیت انجام گرفت و در بازگشت از این سفر در اول شهریور 1326 نشستیم و یك برنامه مطالعاتی مناسب با این سفرها تنظیم كردیم و 18 نفر به گروههای سه نفری تقسیم شدند و هر گروهی یك یا دو رشته را انتخاب كردند و شروع به كار كردند. آقای مطهری‌... و من سه نفری در گروه اسلام و ماتریالیسم و مادیگری در اسلام وارد مطالعه شدیم‌... زمینه بحثمان كتابی بود به نام «علی‌اطلال مذهب‌المادی‌» (بر ویرانه‌های مادیگری‌) كه نویسنده آن فرید وجدی بود، كه كتاب جالبی به زبان عربی بود.»

تابستان سال 1326 كه برای زیارت پدر و مادر به فریمان می‌رود از حسن اتفاق‌، استاد محبوبش آیت‌الله خمینی نیز به مشهد مشرف می‌شود و این بهانه‌ای می‌شود كه وی را به فریمان دعوت كند و چند روزی در خانه پدری از استاد عزیز خود پذیرایی كرده و محبت قلبی خویش را به او بیش از پیش بنمایاند.

در سال 1345 ابراهیم مهدوی در مجله زن روز مطالبی در مورد حجاب و زن نوشت كه استاد بدون پروا از اینكه دیگران چه خواهند نوشت و چه خواهند گفت با انتشار یك سلسله مقالات در همان مجله پاسخ یاوه‌گوییهای آن فرد را داد و بعدها همان مقالات را با عنوان «نظام حقوق زن در اسلام‌» منتشر كرد كه بسیار مورد استقبال قرار گرفت‌. استاد خود در شأن نزول نشر این كتاب می‌نویسد :

«... آنچه اكنون از نظر خوانندة محترم می‌گذرد مجموع مقالاتی است كه به مناسبت خاصی‌، این بنده در سالهای 45 ـ 46 در مجلة «زن روز» تحت عنوان «زن در حقوق اسلامی‌» نشر داد و توجه فراوانی جلب كرد. برای افرادی كه سابقة كار را نمی‌دانند و در آن اوقات در جریان نبودند و اكنون می‌شنوند كه این مقالات در آن مجله‌، اولین بار نشر یافته است‌، قطعاً موجب شگفتی خواهد بود كه چگونه این بنده آن مجله را برای این سلسله مقالات انتخاب كردم و چگونه آن مجله حاضر شد بدون هیچ دخل و تصرفی این مقالات را چاپ كند. از این رو لازم می‌دانم «شأن نزول‌» این مقالات را بیان نمایم‌. در سال 45 تب تعویض قوانین مدنی در مورد حقوق خانوادگی‌، در سطح مجلات‌، خصوصاً مجلات زنانه سخت بالا گرفت و نظر به اینكه بسیاری از پیشنهادهایی كه می‌شد بر ضد نصوص مسلم قرآن بود، طبعاً ناراحتیهایی در میان مسلمانان ایران به وجود آورد. در این میان‌، قاضی فقید ابراهیم مهدوی زنجانی‌، عفی‌الله عنه‌، بیش از همه گردوخاك می‌كرد و حرارت به خرج می‌داد. مشارالیه لایحه‌ای در چهل ماده به همین منظور تنظیم كرد و در مجلة فوق‌الذكر چاپ نمود. ...من قبلاً ضمن مطالعات خود دربارة حقوق زن‌، كتابی از مهدوی فقید در این موضوعات خوانده بودم و مدتها بود كه به منطق او و امثال او آشنا بودم‌. به علاوه‌، سالها بود كه حقوق زن در اسلام مورد علاقة شدید من بود و یادداشتهای زیادی در این زمینه تهیه كرده و آماده بودم‌. مقالات مهدوی فقید چاپ شد و این مقالات نیز رو در روی آنها قرار گرفت‌. طبعاً من از موضوعی شروع كردم كه مشارالیه بحث خود را شروع كرده بود. درج این سلسله مقالات مشارالیه را در مشكل سختی قرار داد، ولی شش هفته بیشتر طول نكشید كه با سكتة قلبی درگذشت و برای همیشه از پاسخگویی راحت شد !در آن شش هفته این سلسله مقالات جای خود را باز كرد. علاقه‌مندان هم از من و هم از مجله تقاضا كردند كه این سلسله مقالات مستقلاً ادامه یابد. با این تقاضا موافقت شد و تا 33 مقاله ادامه یافت‌. این بود «شأن نزول‌» این مقالات‌...»

یكی از دوستان استاد در مورد نشر مقاله در زن روز می‌گوید :

«مرحوم مطهری هوادار بحث و گفتگو با هر گروه و فرقه‌ای بود. خوب به خاطر دارم كه با وجود مخالفت شدید بسیاری از دوستان خود، در مجله «زن روز» آن ایام كه صفحات «بر سر چهارراه‌» آن زشت‌ترین و بی‌شرمانه‌ترین راهنمایی‌ها را به دختران و زنان ایران می‌كرد، مقالاتی می‌نوشت و معتقد بود كه باید دلایل و مطالب ما در مجله خود آنها هم منتشر شود تا آنها بدانند كه ما چه می‌گوئیم‌. در پاسخ اعتراض من در همین زمینه كه می‌گفتم : «مقالات شما باعث می‌شود پای «زن روز» به خانه‌های مسلمانان هم باز شود و موجب فساد دختران جوان گردد ایشان گفتند: اگر خانواده‌ای مسلمان با خواندن چند شماره «زن روز» فاسد، فاسد بشوند باید در تربیت آنها كوشید ولی باید توجه داشت كه زن روز قبل از نشر مقالات من در تیراژی بالای صد هزار منتشر می‌شد یعنی در صد هزار خانواده ایرانی و اغلب مسلمان راه دارد و من با نوشتن مقالاتی در این مجله‌، حرفهای خودمان را به میان صد هزار خانواده‌ای می‌برم كه به مسجد و حسینیه نمی‌آیند. قرآن مجید درباره مشركین می‌فرماید : «لم یكن الذین كفروا من اهل الكتاب منفكین حتی تأتیهم البیّنه‌» این آیه علاوه بر تفاسیری كه شده‌، معنی جالبی هم دارد و آن این است كه تا شما برای مشركین دلیل و برهان نیاورید و با آنها به بحث آزاد ننشینید، دست از كار و راه خود برنمی‌دارند و این خود دلیل روشنی است كه قرآن به اندیشه و گفتگوی همراه با دلیل و برهان‌، اهمیت می‌دهد و آن را جدّی تلقی می‌كند و در واقع طرح كردن یك موضوع به طریق استدلالی و منطقی‌، به تعبیر قرآن می‌تواند در جهت دادن به زندگی انسان و تغییر مسیر و كیفیت آن‌، عامل سازنده و اصلی باشد.»

... شاه گفته بود كه اساتید دانشگاه جمع بشوند و راجع به مواد انقلاب سفید نظریاتی بدهند و اگر انتقاداتی دارند بكنند، و در همین رابطه هم آقای مطهری را دعوت كرده بودند و نامه تهدیدآمیز بود كه اگر نیایید چنین و چنان می‌شود، و ایشان گفتند من نمی‌روم هر چه می‌خواهد بشود. با شروع نهضت روحانیت در سال 41 به رهبری امام خمینی مطهری نیز از جان و دل به تقویت مواضع رهبر و مراد و استاد خود پرداخت و بهای آن را نیز در شب عاشورای سال 42 و پس از بازگشت از سخنرانی در خیابان پیروزی پرداخت و به اسارت عوامل رژیم شاه درآمد. همسر استاد می‌گوید :

«شب عاشورایی بود كه ایشان سخنرانی عجیبی كرده بودند و به منبریها گفته بودند كه باید واقعیت را بگویید و در مقابل هر نوع حادثه و گرفتاری بایستید بعد از سخنرانی بود كه نیم ساعت بعد از نیمه شب ایشان به منزل آمدند. منزل ما یك حیاط 100 متری در كوچه دردار بود آن روز بچه‌ای دوماهه نیز داشتم ایشان طبق معمول كه یك ذرّه پنیر یا كره می‌خوردند همان شام مختصر را از من طلب كردند و من رفتم شام بیاورم‌. در زدند و استاد برای باز كردن در به در حیاط رفتند. آنها دائم مطهری را می‌كشیدند و ایشان می‌خواستند لباس عوض كنند ولی اجازه نمی‌دادند. من آمدم جلو ایشان به من گفتند : «لباسهای مرا بیاور» در جیب قبای ایشان پُر بود از اعلامیه و دفتر تلفن و مدارك من فوراً رفتم و قبای دیگری برای ایشان آوردم‌. آن شب ایشان را دستگیر كردند و نزدیك به دو ماه زندانی بودند. وقتی آزاد شدند در اولین دیدار با من‌، خندیدند و گفتند : اگر كار تو نبود و آن قبا را عوض نكرده بودی رازهای ما كشف شده بود. تو خیلی زرنگی كردی‌.»

پاكروان رئیس وقت ساواك‌، در مورد بازداشت استاد، خطاب به دادستان ارتش می‌نویسد :

«مرتضی مطهری فرزند محمد حسین‌... در تاریخ 15/3/42 به اتهام اقدام بر ضد امنیت داخلی مملكت دستگیر و در حال حاضر در زندان شهربانی كل كشور بازداشت می‌باشد. علیهذا خواهشمند است دستور فرمایید نسبت به صدور قرار بازداشت مشارالیه اقدام مقتضی معمول و نتیجه را به این سازمان اعلام نمایند.»

علیرغم جو موجود، تنگی جا در زندان و شرایط غیرقابل تحمل فضای حاكم بر بازداشتگاه 65 زندانی كه همه از علما و مبلغان برجسته كشور بودند روزگار را بر خود تنگ نكرده و با تشكیل نشست‌های دوستانه علمی و فكاهی اوقات زندان را برخود گوارا می‌نمودند. سرانجام فشار مردم و مهاجرت علمای درجه اول بلاد ایران به تهران سبب شد كه روحانیون زندانی پس از تحمل 43 روز حبس از زندان آزاد گردند . استاد مطهری در تقویم روز 26 تیر ماه سال 42 خویش می‌نویسد :

«در این روز در حدود ساعت 6 بعد از ظهر، از زندان موقت شهربانی آزاد شدیم و... اللهم اختم لنا بالخیر والعافیة و السلامة و البركة‌»

مشاركت او در شكل‌گیری هیئت‌های مؤتلفه كه در آن روزگار نقش چشمگیری در سازماندهی تظاهرات و فعالیتهای سیاسی و پخش اعلامیه‌های امام در سراسر كشور را داشت قابل توجه است و به فرمان رهبری نهضت استاد مطهری به همراه دكتر بهشتی و حجج اسلام انواری و مولایی و غفوری شورای فقهای مؤتلفه را تشكیل داده و در تدوین ایدئولوژی گروه نقش اساسی را ایفا می‌نمایند. كتاب با ارزش «انسان و سرنوشت‌» او محصول تدریس در این جمع است‌.

آیت‌الله انواری از مبارزان قدیمی از شكل‌گیری مؤتلفه و نقش اساسی استاد و مخالفت او با مبارزه نظامی تهی از آموزش ایدئولوژیك چنین می‌گوید :

«در رأس كسانی كه به این جمعیت كمك می‌كردند، در درجة اول امام خمینی بودند و بعد از ایشان هم آیت‌الله میلانی كه در آن روزگار همكاری می‌كردند. كار شورای روحانیت این بود كه اگر مطالبی یا دستوری از بالا ـ یعنی امام ـ می‌رسید، آن را منعكس می‌كردند تا از ارگانهای پایین اجرا كنند. اگر هم چیزی به نظر شورا می‌رسید، به بالا پیشنهاد می‌كرد. همچنین اگر از كمیتة مركزی پیشنهاد می‌شد، به شورا می‌آمد و پس از بررسی به بالا ارائه می‌شد. یكی از وظایف شورای روحانیت‌، تهیة خوراك فكری برای جوانها بود. من خوب یادم است كه در آن روزگار چند جزوه تهیه شده بود كه یكی از آنها نوشتة شهید استاد مطهری بود كه تایپ شده بود و آن را به حوزه‌ها داده بودند كه تدریس می‌كردند. بعدها كه ما زندانی شدیم‌، این كتاب چاپ شد. اواخر سال 43، بعد از جریان كاپیتولاسیون‌، امام خمینی را به تركیه تبعید كردند. در این حال‌، هیئتهای مؤتلفه به فكر افتادند كه از صورت فعالیت تعلیمی و ایدئولوژیكی بیرون آیند و به صورت سازمانی سیاسی ـ نظامی وارد كار شوند. در آن روزگار بنده با این كار موافق بودم‌. بعضی از دوستان هم موافق بودند، به این شرط كه به نام ما تمام نشود. بعضی هم با این كار واقعاً مخالفت می‌كردند. من اعتراف می‌كنم كه نظر استاد مطهری نظر جالبی بود. ایشان می‌گفتند : ما هنوز یك ایدئولوژی صحیح و مدون ارائه نداده‌ایم و جوانهای خود را آموزش اسلامی نداده‌ایم و مفاهیم را روشن نكرده‌ایم‌. اینها كه در حال حاضر با عصای احساسات پیش می‌روند و اطلاعاتشان دربارة اسلام كم و ضعیف است‌، فردا كه ما این كار را شروع كنیم‌، اگر تحت تأثیر نیروهای الحادی قرار بگیرند، ما كه آمده‌ایم اسلامی كنیم و جوانهای خود را با اسلام آشنا كنیم و اهداف اسلامی را پیش ببریم‌، نتیجة عكس می‌گیریم‌; چرا كه بچه‌های خود را به دست نیروهای الحادی و كمونیستها داده‌ایم‌. البته در آن وقت‌، دست كم من متوجه این مسئله نبودم‌. شاید جوانتر بودم و ایشان دوراندیش‌تر بودند و عمیقتر فكر می‌كردند. این مطلبی بود كه بعدها به آن رسیدم و احساس كردم كه حق به جانب ایشان بود.»

بنیان نهادن حسینیه ارشاد در سال 1346 نیز از جمله شیوه‌های نوین مبارزه فرهنگی او در اوج غربت دین و دینداری بود كه البته برای او پایان غم‌انگیزی داشت و در پی برخی خودسریهای مدیر داخلی حسینیه ارشاد، استاد مطهری در سال 1349 مجبور به ترك حسینیه گردید.

مطهری در اوج اختناق حاكم بر كشور در پاسخ مراجعین برای امر تقلید همگان را به تقلید از آیت‌الله خمینی ارجاع می‌داد و در جایی گفته بود :

«ایشان از لحاظ علمی ابتكاراتی در فقه دارند كه مخصوص خودشان است‌... و اگر تا ده سال دیگر خداوند این آقا را زنده نگه دارد، تحولی در ایران به وجود خواهد آمد.»

و یا در پاسخ دیگری گفته بود :

«در درجه اول آقای خمینی‌. به نظر من در بودن آقای خمینی بی‌انصافی است كه از كس دیگری تقلید كنید... تقلید از حاج آقا روح‌الله لذت دیگری دارد.»

استاد مطهری در سال 1347 از سوی امام خمینی اجازه در امور حسبیه شرعیه را دریافت نمود . در متن این اجازه نامه آمده است :

« و بعد، جناب مستطاب عماد العلمأالاعلام و حجت‌الاسلام آقای حاج شیخ مرتضی مطهری ـ دامت افاضاته ـ مجازند در امور حسبیه و شرعیه كه در عصر غیبت ولی امر ـ عجل‌الله تعالی فرجه ـ از مختصات فقیه جامع‌الشرایط و منوط به اذن اوست : «فله‌التصدی لما ذكر مع مراعاة الاحتیاط» و نیز مجازند در اخذ سهم مبارك امام ـ علیه‌السلام ـ و صرف نصف آن را در مواردی كه برای علو اسلام و ترویج احكام مقدسه و تشیید مبانی دین حنیف مفید است و ایصال نصف دیگر را نزد حقیر برای صرف در حوزه‌های مهمه اسلامیه‌. و وكیل هستند در دستگردان نمودن و امهال به مقدار صلاح و اخذ و صرف و ایصال به نحوی كه مذكور گردید. »

شهید مطهری در سال 1349 به خاطر صدور اعلامیه‌ای مبنی بر جمع اعانه برای كمك به آوارگان فلسطینی و اعلام آن طی یك سخنرانی در حسینیه ارشاد به ساواك احضار شد. این در حالی بود كه ساواك چند روز پس از اطلاع از صدور این بیانیه دستور كنترل 24 ساعته و شنود تلفن استاد را صادر كرده بود. در سندی از ساواك چنین می‌خوانیم :

« ... چندی قبل سه نفر از روحانیون افراطی تهران و قم به اسامی شیخ مرتضی مطهری‌، سید ابوالفضل موسوی زنجانی و محمدحسین علامه طباطبائی با انتشار اعلامیه‌هایی از مردم درخواست كردند به منظور كمك به آوارگان فلسطین كمكهای نقدی خود را به حسابهایی كه از طرف آنان در بانكهای ملی ایران‌، صادرات و بازرگانان باز شده واریز نمایند.

در اجرای اوامر صادره چندین بار با شیخ مطهری تماس حاصل و به وی توصیه شد با توجه به اینكه وجوه مذكور از طریق سفارتخانه‌های عربی فرستاده می‌شود به مصرف حقیقی نمی‌رسد. اصلح است در ایران صرف كارهای خیر از قبیل تأسیس مدرسه‌، مسجد و مؤسسات خیریه برسد یا در اختیار جمعیت شیروخورشید سرخ قرار گیرد تا از این طریق در امور عام‌المنفعه خرج شود : نامبرده اظهار داشته وظیفه شرعی آنان حكم می‌كند وجوهی كه از طرف مردم به عنوان امانت در حسابهای آنان واریز شده به فلسطین فرستاده شود و چنانچه در جایی غیر از محل مورد نظر مردم صرف شود متهم به خیانت در امانت خواهند شد لذا از اجرای خواسته ساواك معذور است‌. چون مشارالیه در دفعات قبل با جسارت تمام از انجام دستور سرپیچی می‌كرد ... » .

در سندی دیگر با عنوان : «جمع‌آوری وجه جهت سازمان الفتح‌» اداره كل سوم در تاریخ 31/2/49 با تنظیم خلاصه سابقه استاد مطهری چنین می‌نویسد :

«الف ـ شیخ مرتضی مطهری فرزند حسین شغل استاد دانشكده الهیات‌، از روحانیون افراطی و طرفدار نهضت به اصطلاح آزادی است كه در تاریخ 15/3/42 به اتهام اقدام بر ضد امینت داخلی كشور دستگیر و در تاریخ 26/4/42 از زندان آزاد و سرانجام قرار منع پیگرد درباره وی صادر شده است‌.

شخص مذكور مدتی بجای سید محمود طالقانی در مسجد هدایت نماز جماعت برگزار می‌نموده و همواره در گفتار و مذاكرات خود مطالب تحریك آمیز و انتقادی بیان می‌نماید كه از جمله در تاریخ 31/4/43 به طور خصوصی اظهار داشته مردم بس كه مبارزه كردند و نتیجه نگرفتند خسته شدند و همگی مأیوسند مخصوصاً جبهه ملی كه روی همین اصل عقب نشینی كرد و سران نهضت آزادی هم تنها روی ایمان آنها بود كه ایستادگی كردند. وظیفة ما روحانیون و وعاظ است كه نگذاریم مردم از مبارزة خود ناامید شوند بلكه باید آنها را امیدوار سازیم و روحیة آنان را تقویت كنیم‌.

مشارالیه روز 17/7/48 ضمن سخنرانی در حسینیه ارشاد مطالبی در مورد نهضت آزادیبخش اسلام مطالبی ایراد و افزوده با شعار زنده باد و مرده باد نمی‌توان آزاد شد و آزادی معنوی با آزادی اجتماعی همراه است‌. اسلام گفته است هیچ‌كس در اجتماع نمی‌تواند برتر و بهتر از دیگری باشد و قرآن این حق را داده كه اگر كسی دارای قدرت شد و بر ضعیف ستم نمود و قوانین اسلامی را نادیده گرفت او را از مقام خود به زیر بكشند و حق خود را از وی بگیرند. سپس اضافه كرده چرا مردم از یك مقامی كه در رأس قرار دارد با نام و القاب ستایش كننده او را صدا می‌كنند؟ فقط خداست كه بایستی مورد ستایش قرار گیرد.

نامبرده روز 10/9/48 در سالن امتحانات كوی دانشگاه تهران تحت عنوان انسانیت در مكتب علی صحبت و اظهار نموده‌: استعمارگران غربی می‌كوشند تا ما را در قید و بند اسارت نفس خود نگهداشته و حس آزادیخواهی و آزادی طلبی را از ما سلب كنند.»

و لذا سپهبد ناصر مقدم ذیل این خلاصه سابقه می‌نویسد :

«صلاحیت استادی ندارد به اداره كل 4 منعكس گردد. 3/3/49»

گزارشگران ساواك از شركت او در سمینار دبیران علوم دینی كه از تاریخ 11/5/49 به مدت پنج روز در باشگاه فرهنگیان مشهد تشكیل شده بود جلوگیری كرده و اظهارات او را تحریك‌آمیز و برخلاف مصالح كشور دانسته می‌نویسند :

«او اظهار داشته كه این سمینار جنبه تشریفاتی دارد نه جنبه دینی برای اینكه تمام دستگاههای دولت در این مملكت با دین مبارزه می‌نمایند و مردم را به بی‌دینی دعوت می‌كنند. ]مطهری‌[ نسبت به نثار تاج گل بر پیكر رضاشاه اعتراض كرده و گفته آیا دبیران علوم دینی هم باید بت‌پرست باشند.»

پس از ارسال این گزارش به مركز كه طی آن خبر از اقدام جهت بركناری شهید مطهری از سمت استادیاری دانشكده الهیات می‌دهد. ناصر مقدم مقام عالی امنیتی ذیل گزارش می‌نویسد :

«تحت مراقبت قرار گیرد.»

 خشم ساواك از اقدام او برای كمك به فلسطینیان‌ِ مورد هجوم قرار گرفته فروكش نكرده‌، با ارسال چند نامه به مراكز ذیربط از جمله دانشگاه تهران می‌نویسد:

«آقای شیخ مرتضی مطهری دانشیار دانشگاه تهران صلاحیت تدریس در دانشكده الهیات و سایر دانشكده‌ها را ندارد. 9/7/49»

ساواك تمامی منابر وعظ و خطابه‌های استاد را هر چه بیشتر تحت نظر گرفته‌، با گماشتن منابع متعدد آنی از فعالیتهای او چشم نمی‌پوشید :

«بعدازظهر روز 18/5/50 در مسجد هدایت ... شیخ مرتضی مطهری بالای منبر رفت و ... گفت : «باید از ایمان مثل جواهر مواظبت نمود اگر غرب صنعت و پول دارد كشور ما هم معنویات دارد شما جوانها فكر می‌كنید خارجیان فقط در فكر بردن نفت و ذخایر زیرزمینی ما هستند اما آنها با معنویت شما نیز سرو كار دارند وقتی كه ملتی ایمان نداشته باشد غالب شدن بر آن ملت آسان است و سپس درباره علت شكست اسپانیای مسلمان كه بر اثر عیاشی ملت اسپانیا در زمان قدیم به وقوع پیوسته صحبت كرد.»

با ارسال گزارش سخنرانی او در مسجد الجواد كه پیرامون تقیّه بحث كرده و گفته بود :

«تقیّه در اسلام یعنی مبارزه زیرزمینی نه اینكه طوری عمل كنید كه باعث راحتی شود.»

بلافاصله ناصر مقدم عكس‌العمل نشان داده‌، به ساواك تهران دستور می‌دهد كه فعالیتهای او را تحت‌نظر بگیرند و مسافرتهای تبلیغی او را اطلاع دهند و اعمال و رفتارش تحت مراقبت كامل باشد.

فشار ساواك به گونه‌ای افزایش می‌یابد كه دستور مراقبت از سخنرانی او در دانشكده الهیات مشهد كه به دعوت رئیس دانشكده صورت گرفته بود نیز صادر می‌شود.

سال 1352 را نیز استاد مطهری با فشار عناصر ساواكی و كنترل منابع ساواك پشت سر می‌گذارد حتی از سخنرانیهای او در مسجد جاوید نیز مورد حساسیت ساواك قرار گرفته و دستور بررسی مجدد داده می‌شود و از ساواك تهران و شمیرانات خواستار مراقبت بیشتر از او می‌شوند. با اطلاع از انتشار كتاب عدل الهی استاد مطهری‌، خواستار ارسال یك نسخه از آن كتاب برای اداره كل امنیت داخلی می‌شود.

منابع ساواك به اطلاع مقامات عالیرتبه ساواك می‌رسانند كه به دعوت دانشجویان قرار است مرتضی مطهری در روزهای 5 و 6 و 7 و اسفند ماه 1352 در مسجد دانشگاه ملی به ایراد سخن پردازد. ثابتی كه اینك پست سابق ناصر مقدم را اشغال كرده و مدیركل اداره سوم شده است در پاسخ این استعلام می‌نویسد :

«سخنرانی نامبرده بالا در مسجد دانشگاه موصوف مشروط به احضار و توجیه مشارالیه مبنی بر اینكه از اظهار مطالب تحریك‌آمیز خودداری نماید، می‌باشد.»

مراقبت از استاد در سال 53 نیز ادامه می‌یابد. و كمترین موضعگیری او نیز به مركز گزارش می‌شود. یكی از واحدهای ساواك در گزارش مورخ 18/1/53 می نویسد :

به سند زیر توجه بفرمایید :

« یاد شده از اینكه نماز جماعت سید علی خامنه‌ای را در مشهد تعطیل كرده‌اند به شدت ناراحت شده و اظهار داشته همه مراكز حساس را كه اثری دارد می‌بندند ... انسان متحیر می‌ماند چه كند و چه بگوید وی گفت سید علی خامنه‌ای از نمونه‌های ارزنده‌ای است كه برای آینده موجب امیدواری است و در این مدت كوتاه در مشهد كارهای پرثمری انجام داده كه یكی از آنها جمع كردن جوانان روشنفكر و بیدار بوده و به همین جهت وی مورد توجه خمینی هم واقع شده و خمینی دستور داده كه هواخواهان وی خامنه‌ای را حمایت كنند.»

گزارشگران ساواك در خرداد 53 گزارش می دهند كه مطهری در دانشكده الهیات از سید موسی صدر تمجید و از اینكه در مصاحبه‌های خود اوضاع ایران را برای روزنامه‌های معروف جهان تشریح كرده ، او را شجاع و آزادمرد می‌خواند وی گفت :

«صدر اكنون یكی از پایگاههای امیدبخش است زیرا جوانانی كه از ایران خود را نجات می‌دهند می‌توانند به وی پناه ببرند و نیز واسطه‌ای مورد اعتماد است برای رساندن پول به خمینی‌. مطهری افزود : اكنون تمام راهها را به روی ما بسته‌اند باید برای بیداری افكار و هدایت جوانان راههای دیگری انتخاب كنیم و نگذاریم جوش و خروشها یك‌باره خاموش شود و من فكر می‌كنم كه چه راهی را باید در پیش بگیریم و هنوز فكرم به جایی نرسیده است‌!» 

در مهرماه سال 1353 بود كه دانشجویان دانشگاه جندی شاپور آبادان استاد مطهری را برای سخنرانی دعوت می‌نمایند; لیكن پرویز ثابتی دستور مخالفت با برپایی سخنرانی او را می‌دهد و مدتی كوتاه از این ماجرا نگذشته كه ثابتی نامه زیر را به ساواك تهران ارسال داشته كه حاكی از نگرانی شدید ساواك و دلخوری از فعالیتهای استاد مطهری می‌باشد :

«  گزارشهای واصله حاكی از آن است كه نامبرده بالا از مدتی قبل فعالیتهای خلافی را از جمله ایراد مطالب نامناسب و تحریك‌آمیز در محافل دانشجویی مشهد و سمپاشی در بین پاره‌ای از معاشرین خویش دنبال می‌نماید.

علیهذا خواهشمند است دستور فرمایید یاد شده را احضار و ضمن دادن تذكرات شدید، به وی تفهیم نمایند در صورتی كه به رویه كنونی خود ادامه دهد، علاوه بر آنكه صلاحیت تدریس در دانشگاه را نخواهد داشت‌، تصمیمات شدیدی درباره‌اش اتخاذ خواهد شد. به علاوه كماكان از اعمال و رفتار و منابر مشارالیه مراقبت به عمل آورده نتایج حاصله را مرتباً اعلام دارند.مدیركل اداره سوم ـ ثابتی‌» 

در پی تظاهرات طلاب علوم دینیه در 15 خرداد ماه 1354 در مدرسه فیضیه قم كه به پاسداشت قیام 15 خرداد 1342 انجام یافته بود ساواك در روز 17 خرداد با اعزام گارد شاهنشاهی و یورش مسلحانه به مدرسه فیضیه به سركوب شدید طلاب پرداخته جمع كثیری را شدیداً زخمی و تمامی طلاب حاضر در مدرسه را كه حدود 400 نفر می‌شد پس از ضرب و شتم شدید به زندان اوین منتقل و مدرسه فیضیه را نیز تعطیل نمود. از سوی دیگر درصدد شناسایی عاملین و محركین برآمد در این راستا استاد مطهری را نیز مورد مراقبت بیشتر قرار داده و او را نیز جزء محركین این واقعه قلمداد می‌نماید .

در همین زمان ، اداره كل امنیت داخلی ساواك با تنظیم یك بولتن سه برگی خطاب به نصیری ‌، ضمن ارائه شرح مختصری از فعالیتهای استاد در پایان چنین اعلام نظر می‌كند :

« با عرض مراتب بالا و اینكه اولاً دستگیری روحانی یاد شده موجبات بزرگ شدن وی و بالا رفتن وجهه او در بین عناصر متعصب مذهبی و دانشجویان افراطی خواهد شد. ثانیاً قرار گرفتن این شخص در رأس گروه فلسفة دانشكده الهیات‌، اصولاً وجود وی در دانشگاه‌، با توجه به مقاصد سوء این شخص‌، به هیچ‌وجه به مصلحت نمی‌باشد. ثالثاً ادامه سخنرانیهای مشارالیه در محافل مذهبی صحیح نیست‌، علیهذا مستدعی است در صورت تصویب :

اولاً : به اداره كل چهارم اعلام شود كه ادامه خدمت نامبرده در دانشگاه تهران به مصلحت نیست‌. ثانیاً : با همكاری شهربانی كشور از ادامه سخنرانیهای وی مخالفت به عمل آید و مراقبت از او كماكان ادامه یابد. موكول به رأی عالی است‌.»

این پیشنهاد در تاریخ 20/3/54 به رؤیت نعمت‌الله نصیری رئیس وقت ساواك می‌رسد و او در ذیل نامه می‌نویسد :

«موافقت می‌شود حضوراً در مورد این قبیل افراد مذاكره نمایید.»

سپس پرویز ثابتی مقام عالی امنیت به حضور رئیس ساواك شتافته و او را متقاعد به انجام تصمیمات فوق می‌نماید و در تاریخ 22/3/54 یعنی دو روز بعد ذیل نامه دستور زیر را صادر می‌كند :

«مذاكره شد طبق نظریه اقدام شود ثابتی 22/3/54»

از این تاریخ استاد مطهری ممنوع‌المنبر شده و جهت پایان خدمت او در دانشگاه نیز اقداماتی به عمل آورده می‌شود.

استاد مطهری كه از قبل پیش‌بینی اتخاذ چنین ترفندی را از سوی ساواك كرده بود از فرصت استفاده كرده و جهت سفر به كشورهای اسلامی به عنوان فرصت مطالعاتی درخواست مرخصی و گذرنامه می‌نماید كه در تاریخ  18/10/54 ثابتی ضمن نامه‌ای چنین می‌نویسد :

«صدور گذرنامه جهت نامبرده بالا به مقصد كشورهای عربی از نظر این اداره كل به مصلحت نمی‌باشد. ثابتی »

در خردادماه 1355 ( محرم و صفر ) نیز ساواك به شهربانی و ژاندارمری طی نامه‌ای ممنوع‌المنبر بودن استاد را اعلام و درخواست جلوگیری و مراقبت از منبر وی را نمود.

دوره مشخصی از فعالیتهای او در زمینه ایدئولوژیك نیز وجهه خاصی دارد و آن بعد از ظهور گرایشهای ماركسیستی در سازمان مجاهدین خلق و انتشار آن بیانیه كذایی است كه گروهی رسماً ماركسیست شدند. البته در بقیه هم گرایشهای التقاطی وجود داشت‌. بلافاصله شهید مطهری به شدت شروع به فعالیت كرد و كتابها و جزوات دو سال آخر حیاتش را تدوین كرد... كتابهایی درباره توحید، نبوت‌، قیام حضرت مهدی‌، فلسفه تاریخ‌، اقتصاد و... او به تمام شبهاتی كه آن جزوات و آن گرایشها به وجود آوردند تك تك پاسخ داد...

همچنین در جریان انقلاب اسلامی تشكیلات روحانیت مبارز در هشت منطقه تهران فعالیت می‌كرد و هر منطقه زیر نظر دو نفر از روحانیون آگاه و متعهد اداره می‌شد. كل این تشكیلات دارای دو ـ سه نفر مشاور عالی بود كه مخصوص منطقه خاصی نبودند و خط اصلی كارها را تعیین می‌كردند و به مناطق می‌دادند.

شهید مطهری و شهید بهشتی جزو این مشاوران عالی بودند. بسیاری از اعلامیه‌ها به قلم استاد مطهری بود. پیش‌نویس اساسنامه روحانیت مبارز را ایشان تنظیم كردند كه بعد از شهادت ایشان در مجمع عمومی كه به همت شهید بهشتی در كرج برگزار شد. تصویب گردید. 

در صفحات 34 و 35 كتاب سیمای استاد مطهری می خوانیم :

« جلسه‌ای بود قبل از سال 56 كه یكی از دوستان به خاطر برنامه‌ریزی برای مبارزات تشكیل داده بود... آقای بهشتی و جمعی از بزرگان هم بودند. هنوز با آقای مطهری صحبت نشده بود. خبر جلسه را در نجف دادند كه «... جمعی را برای پی‌ریزی بعضی مسایل تشكیل داده‌ایم‌» امام پیغام داده بودند كه آقای مطهری باید در آن جمع باشند. آقای مطهری در پیروزی این انقلاب بلكه بوجود آوردن این انقلاب هم نقش بسیار مؤثر داشتند اما در مورد حراست از مرزهای ایدئولوژیك و حفظ نه شرقی و نه غربی و به خصوص التقاط زدایی از اندیشه اسلامی آقای مطهری یك فرد بی‌نظیری بود. ایشان در جامعه روحانیت مبارز شركت داشتند و خودشان جزو مؤسسین این جامعه بودند. چرا كه آن وقت در تهران مهمترین و عمده‌ترین كارها را در رابطه با اجتماعات و تظاهرات مردم‌، راهپیماییها و جلسات بزرگ سخنرانیها، جامعه روحانیت مبارز می‌كرد. مرحوم مطهری نیز در این جلسات شركت داشتند و فعالیت مؤثر و بسزایی ایفا می‌كردند. نقش مرحوم مطهری به نظر من نقش درجه یك بود. من شهادت می‌دهم كه این شهید بزرگوار در آن دوره غیبت امام وقتی كه امام در زندان بودند یا در قیطریه تحت نظر كه تحت نظر بودنشان هم یك زندان محترم‌تری بود، یا وقتی در تركیه تبعید بودند و یا وقتی كه به عراق تبعید شدند، در تمام این دوره‌ها مرحوم مطهری كارگشا و راه‌گشای بسیاری از مشكلات مبارزه بود و حضور ایشان این اهمیت را داشت‌. »

سابقه 35 ساله او با رهبری نهضت و اعتماد كامل امام به او وی را به صورت یكی از اصحاب سِر و رازدار انقلاب و امام تبدیل كرده بود و این ارتباط حتی پس از تبعید امام به وسیله پیك و نامه نیز برقرار بود تا اینكه در سال 1355 استاد مطهری به عتبات مشرف شد و به‌دیدار استاد خویش شتافت‌. در این دیدار امام فرمودند :

«مسائل روز را بررسی كنید و جواب بدهید. مسائلی از مكاتب چپی یا مكاتب دیگر را كه انحرافی است جواب بدهید.»

پیش از آن نیز امام به او توصیه كرده بود كه رابطه خود را با حوزه علمیه قم بیشتر كند و لذا او از سال 1351 تا 1357 هفته‌ای سه روز به قم می‌رفتند و در حوزه علمیة قم‌، دروس مهمی مانند شناخت اصل غائیت‌، فلسفه هگل‌، معارف قرآن‌، ماركس و ماركسیسم‌، منظومه‌، نجات و اسفار را تدریس می‌كرد.

به دنبال هجرت تاریخی امام به پاریس‌، مطهری نیز شتابان بدان دیار شتافت‌. «ایامی كه آن شهید می‌خواست برای دیدن استادش به فرانسه برود، یادم نمی‌رود. استادی كه سالهای سال به انتظار تشریف فرمایی او نشسته بود. آن روزهای آخر، گویا هیچ كاری نداشت‌. اگر از او سؤال می‌كردی می‌گفت كه آمادگی پاسخگویی ندارد. اصلاً مثل عاشقی بود كه وعده وصلش نزدیك شده باشد.

خود استاد مطهری در بازگشت از سفر پاریس طی سخنانی در وصف امام می‌گوید :

«من كه قریب دوازده سال در خدمت این مرد بزرگ تحصیل كرده‌ام‌، باز وقتی كه در سفر اخیر به پاریس به ملاقات و زیارت ایشان رفتم‌، چیزهایی از روحیة او درك كردم كه نه فقط بر حیرت من‌، بلكه بر ایمانم نیز اضافه كرد. وقتی برگشتم‌، دوستانم گفتند : «چه دیدی‌؟» گفتم چهار تا «آمَن‌َ» دیدم‌. آمن بهدفه ـ به هدفش ایمان دارد. دنیا اگر جمع بشود، نمی‌تواند او را از هدفش منصرف كند. آمن بسبیله ـ به راهی كه انتخاب كرده‌، ایمان دارد. امكان ندارد بتوان او را از این راه منصرف كرد. شبیه همان ایمانی كه پیغمبر به هدفش و به راهش داشت‌. آمن بقوله ـ در میان همة رفقا و دوستانی كه سراغ دارم‌، احدی مثل ایشان به روحیة مردم ایمان ندارد. به ایشان نصیحت می‌كنند كه : «آقا! كمی یواشتر. مردم دارند سرد می‌شوند، مردم دارند از پای در می‌آیند.» می‌گوید : «نه‌. مردم اینجور نیستند كه شما می‌گویید. من مردم را بهتر می‌شناسم‌.» و ما می‌بینیم كه روز به روز صحت سخن ایشان بهتر آشكار می‌شود. و بالاخره‌، بالاتر از همه‌;آمن بربّه ـ در یك جلسة خصوصی‌، ایشان به من می‌گفت : «فلانی‌! این ما نیستیم كه چنین می‌كنیم‌. من دست خدا را به وضوح حس می‌كنم‌.»

آدمی كه دست خدا و عنایت خدا را حس می‌كند و در راه خدا به وضوح قدم برمی‌دارد، خدا هم مصداق «اِن تَنصُرُوااللهَ یَنصُركُم‌» بر نصرت او اضافه می‌كند .

بی‌شك از جان گذشتگی و مبارزة خستگی‌ناپذیر با ظلم و ظالم و دفاع سرسختانه از مظلوم و صداقت و صراحت و شجاعت و سازش ناپذیری این رهبر، در انتخاب او به مقام رهبری نقش داشته‌. اما مطلب اساسی چیز دیگری است و آن این كه ندای امام خمینی از قلب فرهنگ و از اعماق تاریخ و از ژرفای روح این ملت برمی‌خاست‌. مردمی كه در طول چهارده قرن‌، حماسة محمد، علی‌، زهرا، حسنین‌، سلمان‌، ابوذر و... صدها هزار زن و مرد دیگر را شنیده بودند و این حماسه‌ها با روحشان عجین شده بود، بار دیگر همان ندای آشنا را از حلقوم این مرد شنیدند. علی را و حسین را در چهرة او دیدند. او را آیینة تمام نمای فرهنگ خود كه تحقیر شده بود، تشخیص دادند. امام چه كرد؟ او به مردم ما شخصیت داد. خود واقعی و هویت اسلامی آنها را به آنان بازگرداند. آنها را از حالت «خودباختگی‌» و... خارج كرد. این بزرگترین هدیه‌ای بود كه رهبر به ملت داد. او توانست ایمان از دست رفته مردم را به آنها بازگرداند و آنها را به خودشان مؤمن كند. . 

تشكیل شورای انقلاب و عضوگیری برای آن نیز از جمله فعالیتهای او در جهت پیشبرد اهداف انقلاب بود نقش مؤثر او در این شورا از بسیاری از اتفاقات ناگوار و سوءاستفاده عوامل مخالف نهضت جلوگیری كرد. رهبر معظم انقلاب اسلامی حضرت آیت الله خامنه ای در این خصوص می فرمایند :

«آن وقتی كه (شاپور) بختیار پیشنهاد كرده بود برود خدمت امام برسد یك شرحی (اعلامیه‌ای‌) را داده بود به یكی از آقایان وابسته به جبهه ملی كه بیاورد شورای انقلاب كه بختیار مایل است اگر شما موافقید و اگر امام هم قبول می‌كند این اعلامیه را صادر كند ! این اعلامیه می‌توانست وجهه‌ای برای بختیار درست كرده و كار را عقب بیندازد. لكن در آن جمع ما، دو نفر قاطعاً مخالفت كردند !یكی مرحوم شهید مطهری بود و دیگری مرحوم شهید بهشتی‌. این دو نفر هر كدام یك نكته‌ای را به عنوان ایراد، در این اعلامیه ذكر كردند كه اگر آن نكته اصلاح می‌شد نظر بختیار برآورده نمی‌شد. لذا بود كه وقتی این دو نفر اصلاحات خود را ذكر كردند و آن اعلامیه برگشت‌، بختیار مایل نشد كه آن را پخش كند چرا كه برایش فایده‌ای نداشت‌.»

تحصن در دانشگاه تهران یكی از مهمترین عوامل تسهیل در ورود به موقع رهبر انقلاب به وطن و خنثی شدن توطئه‌ها گردید و نقش استاد مطهری در این تحصن تأسیسی بود. آیت‌الله سید حسن طاهری خرم‌آبادی چنین می گویند :

«آقای مطهری در تحصن دانشگاه نیز نقش اساسی داشتند. یادم می‌آید شبی كه در مدرسه رفاه جمع شده بودیم كه چه باید بكنیم و چه نباید بكنیم‌. پیشنهاد یك تحصن مطرح شد. دكتر بهشتی و آقای مطهری‌، آقای خامنه‌ای و خیلی‌های دیگر بودند. بعضی از دوستان اعتقاد داشتند تحصن در مسجد امام فعلی (مسجد شاه سابق‌) كنار بازار باشد. اما آقای مطهری گفتند كه تحصن در دانشگاه باشد و بالاخره هم همان شد. آقای مطهری از در جلو مسجد دانشگاه وارد شدند و گفتند : ما آمده‌ایم تحصن كنیم تا امام بیایند و تا وقتی كه امام نیایند، ما نمی‌رویم‌.»

شهید مطهری ، ریاست كمیته استقبال از رهبر انقلاب را شخصاً عهده‌دار شد و با كمك مردم و نیروهای مخلص به احسن وجه مراتب استقبال از امام خمینی را به عمل آورد و سپس چونان مشاوری دلسوز پروانه‌وار گرد شمع وجود استاد خویش می‌چرخید.

پس از انقلاب و با ترور ناجوانمردانه سپهبد شهید ولی‌الله قره‌نی ،  حجة‌الاسلام والمسلمین سید مصطفی محقق داماد به از قول شهید مطهری چنین می گوید :

«به نظرم می‌رسد شخصیت مذهبی و روحانی كه در برنامه گروه فرقان است‌، من باشم‌. یقین دارم‌، آنهایی كه از استقلال فرهنگ اسلامی می‌ترسند و هراس دارند كه این فرهنگ غنی اسلام گسترده شود، با كسی كه بسیار دشمنی دارند و بغض او را در این زمینه دارند منم‌. من آرزو دارم كه اگر می‌میرم‌، مرگی در راه عقیده‌ام داشته باشم‌، اگر مرا بكشند، یقین دارم كه در راه اعتقادم و در راه آنچه سالها برایش قلم زده‌ام و فریاد كشیده‌ام كشته می‌شوم‌.» 

آیت‌الله سید عبدالكریم موسوی اردبیلی‌ نیز از روزهای آخر عمر استاد مطهری ، چنین می گویند :

« نیمه‌های شب دهم اردیبهشت مطهری پیش از موعد قیام همیشگی‌اش برای تهجد بامدادی از خواب برمی‌خیزد و پای بر زمین می‌كوبد به گونه‌ای كه همسرش بیدار می‌شود و او را در حالتی خاص می‌یابد. از او می‌پرسد این چه حالت است‌؟ می‌گوید: من الان خواب عجیبی دیدم‌، دیدم كه من و امام دو تایی در مسجدالحرام هستیم و در بیت شریف باز شد. پیغمبر از آنجا آمد پایین و آمد طرف من و مرا بوسید من خدمت امام بودم‌، قدری دستپاچه شدم و گفتم‌: «یا رسول‌الله ایشان فرزند شما هستند، پسر شما هستند.» حضرت فرمودند : «بله‌» و رفتند طرف امام و امام را نوازش كردند و امام را بوسیدند و مجدداً برگشتند به طرف من و لبهایشان را بر روی لبهای من گذاشتند و الآن من گرمی لبهای پیامبر را روی لبهایم احساس می‌كنم‌. به او گفتم : این خواب را چگونه تعبیر می‌كنی‌؟ گفت : تغییر بزرگی در زندگی من بوجود می‌آید. »

و سرانجام ساعت 30/22 سه‌شنبه یازدهم اردیبهشت ماه سال 1358، هنگام بازگشت از جلسه شورای انقلاب آن گاه كه صدایی جز صدای بالهای ملائكی كه برای پرواز روح پاك مطهری به زمین هبوط كرده بودند شنیده نمی‌شد، او از پشت سر هدف گلوله قرار گرفت‌. گلوله‌ای آتشین از زیر لاله گوش راست داخل و از بالای ابروی چپ خارج شد. گواهان بسیاری مراتب تهجد و نیایش‌های شبانه او را از سالهای نوجوانی به شهادت نشسته‌اند و آخرین گواه او ساعت كوكی اطاق استراحت او بود كه رأس ساعت 2 بامداد روز دوازدهم اردیبهشت زنگ بیدارباش همیشگی‌اش را نواخت و پیوسته نواخت غافل از اینكه این بار مطهری پیش از سرعت زمان عروج عارفانه خود را آغاز كرده بود.

و فردای آن روز پیكر مطهر او بر روی دستهای مردم از تهران تا قم تشییع شد و در جوار بارگاه ملكوتی كریمه اهل بیت حضرت معصومه (ع‌) به خاك سپرده شد.

مركز بررسی اسناد تاریخی